Pekka Kohonen sammanfattar

Datorsimulering och cellodling används ofta för utveckling av alternativa metoder till djurförsök. Avsikten med detta projekt är att kombinera dessa tekniker för analys av  kemikaliers giftiga effekter inom ett forskningsområde som benämns ”toxikogenomik”. Syntetiska förlopp med utgångspunkt från cellkärnans nukleinsyra styr normalt cellens olika processer och funktioner, samt också bildningen av cellens
beståndsdelar. Många kemikalier, särskilt vid hög dos, kan förväntas störa dessa grundläggande förlopp, och breda analyser av denna störning på cellnivå benämns ”Toxikogenomik”.
Projektet avser att med dator processa och kors-testa olika resultat i databaser för att få fram en första rymdbeskrivning av genomisk påverkan av kemikalier. Detta sammanfattas till en beskrivning av ”en toxikogenomisk rymd”, dvs. den ska helst beskriva samtliga genetiska störningar som kemikalier överhuvudtaget kan orsaka. Särskilt fokus läggs nu till studier i celler som framodlats från mänsklig vävnad. Vi analyserar sedan dessa resultat med ett stort antal datorprogram och statistiska metoder för att kartlägga de funktionella fel som kemikalierna orsakat, och hur många gener och komponenter av rymden som behövs för att bäst förutsäga giftiga effekter. Resultaten utvärderas genom etablerade förfaranden: dels stäms resultaten mot tidigare publicerade resultat i andra existerande databaser, dels testas  träffsäkerheten av den toxikogenomiska rymden i nya oberoende experiment. Bedömningen sker brett från olika infallsvinklar för att därigenom kunna fastställa värdet (korrektheten) av att förbättra beskrivningen med data som framtas i pågående projekt med svenskt och internationellt deltagande. Den toxikogenomiska rymdbeskrivningen och de arbetssätt och redskap som utvecklas inom projektet
samlas i databaser. Detta kommer att öka möjligheten och precisionen vid bedömningen av giftiga effekter i människan. Helt nya verktyg för giftighetsbedömning kommer att skapas på detta sätt.

 

Hjälp oss att stödja forskning som gör nya genombrott möjliga. Stöd oss här!